L'ammonio è una sostanza derivante dalla trasformazione delle proteine e degli aminoacidi; in condizioni fisiologiche, l'ammonio è trasformato nel fegato ed eliminato attraverso il rene. Pertanto, è normalmente presente nel sangue. Valori elevati si riscontrano soprattutto nei casi in cui si ha una diminuzione della funzionalità del fegato. E' il caso di cirrosi epatica (grave malattia del fegato che può colpire i forti bevitori di bevande alcoliche o può essere la conseguenza diretta di altre malattie che colpiscono il fegato) ed epatopatie (gruppo di malattie del fegato di varia origine). Anche un'alimentazione particolarmente ricca di proteine può far aumentare i valori. Una diminuzione dei valori, invece, può essere la conseguenza di un'alimentazione povera di proteine oppure dell'assunzione di farmaci che ne limitano l'assorbimento. Non è consentito il fumo nelle ore che precedono il prelievo, perché ciò può produrre valori falsamente elevati.