L'endoscopio è un tubo provvisto di un obiettivo all'estremità che è introdotta nel corpo; all'altra estremità c'è un oculare attraverso il quale il medico può seguire l'esame. Molti endoscopi sono provvisti anche di un piccolo apparecchio fotografico e/o di piccoli strumenti che rendono possibile l'attuazione di vari interventi, come l'asportazione di polipi o piccoli tumori e l'esecuzione di una biopsia. L'endoscopia è eseguita inserendo cautamente lo strumento nel corpo del paziente, precedentemente sottoposto ad anestesia (che sarà locale o generale a seconda dei casi). Trattasi di un esame solitamente indolore, anche se fastidioso. Talvolta, nella parte attraversata dal tubo si può avere un'infiammazione. L'endoscopia è utilizzata soprattutto studiare l'apparato digerente. In tale campo, infatti, esistono apparecchiature specifiche con cui è possibile eseguire un esame endoscopico dello stomaco (gastroscopia), del colon (colonscopia), del retto (rettoscopia). Di vasta utilizzazione sono anche l'esame endoscopico dei bronchi (broncoscopia) e dell'uretra (uretroscopia).