La chirurgia epatobiliopancreatica è particolarmente indicata per il trattamento dei tumori (sia benigni, sia maligni) e delle infiammazioni acute e croniche del fegato, del pancreas e delle vie biliari. É particolarmente usata per la terapia delle metastasi del fegato e per la rimozione dei tumori pancreatici non diffusi ad altri organi o tessuti.