L'esame microbiologico delle feci consiste nella ricerca di batteri, funghi e virus nelle feci. I batteri si ricercano con un esame che si chiama coprocoltura. La coprocoltura è eseguita ponendo ("seminando") il campione di feci prelevato di fresco ed in condizioni di assoluta sterilità su una piastra cosparsa con un terreno di coltura, ovvero un materiale liquido o solido contenente i fattori necessari per la crescita dei germi. La piastra va osservata dopo alcune ore: se c'è infezione i germi si sono sviluppati sulla piastra e sono facilmente visibili. Il terreno di coltura è predisposto per la ricerca dei principali microrganismi infettivi delle vie intestinali: Campylobacter, Clostridium, Escherichia coli, Salmonelle, Shigelle, Stafilococco, Vibrioni, Yersinia. Nelle feci si può ricercare anche la Candida che è un fungo. Tra i virus si ricerca comunemente il rotavirus che può provocare grave diarrea soprattutto nei bambini.