Esame di laboratorio eseguito su un organo (esofago, stomaco, intestino, milza, fegato, mammella, rene, vescica, prostata, polmone) evidenziante una lesione. Una volta rilevata in un organo una zona "sospetta", se ne preleva una parte facendo ricorso alle tecniche di chirurgia endoscopica, che consentono di raggiungere un organo senza ricorrere all'incisione chirurgica classica. Ci si avvale di sonde e fibre ottiche dotate di microtelecamere che sono inserite nell'organismo a seguito di incisioni di piccole dimensioni, dette "porte". In particolare, le microtelecamere consentono di eseguire l'operazione dall'esterno, seguendo le manovre effettuate su un monitor. Successivamente, si esegue la ricerca al microscopio (esame citologico) di cellule anomale, per definirne la natura. La biopsia endoscopica è applicata soprattutto alla colecisti, alle vie biliari ed all'intestino.